知的財産事件の控訴審については、特別の定めがあります。すなわち、知的財産高等裁判所設置法２条柱書は、「東京高等裁判所の管轄に属する事件のうち…知的財産に関する事件を取り扱わせるため…東京高等裁判所に知的財産高等裁判所を設ける」として、東京高等裁判所管轄に属する知的財産に関する事件については、知的財産高等裁判所が取り扱うことを宣明しています。

第二条　東京高等裁判所の管轄に属する事件のうち、次に掲げる知的財産に関する事件を取り扱わせるため、裁判所法（昭和二十二年法律第五十九号）第二十二条第一項の規定にかかわらず、特別の支部として、東京高等裁判所に知的財産高等裁判所を設ける。

一　特許権、実用新案権、意匠権、商標権、回路配置利用権、著作者の権利、出版権、著作隣接権若しくは育成者権に関する訴え又は不正競争（不正競争防止法（平成五年法律第四十七号）第二条第一項に規定する不正競争をいう。）による営業上の利益の侵害に係る訴えについて地方裁判所が第一審としてした終局判決に対する控訴に係る訴訟事件であってその審理に専門的な知見を要するもの

二　特許法（昭和三十四年法律第百二十一号）第百七十八条第一項の訴え、実用新案法（昭和三十四年法律第百二十三号）第四十七条第一項の訴え、意匠法（昭和三十四年法律第百二十五号）第五十九条第一項の訴え又は商標法（昭和三十四年法律第百二十七号）第六十三条第一項（同法第六十八条第五項において準用する場合を含む。）の訴えに係る訴訟事件

三　前二号に掲げるもののほか、主要な争点の審理に知的財産に関する専門的な知見を要する事件

四　第一号若しくは第二号に掲げる訴訟事件又は前号に掲げる事件で訴訟事件であるものと口頭弁論を併合して審理されるべき訴訟事件

高等裁判所の管轄については、下級裁判所の設立及び管轄区域に関する法律別表５に定めがあります。すなわち、右記1都10県、東京都，神奈川県，埼玉県，千葉県，茨城県，栃木県，群馬県，静岡県，山梨県，長野県，新潟県に所在する地方裁判所に提起された第一審に対する知的財産権に関する控訴審事件は、知的財産権高等裁判所が取り扱います。

また、特許権等に関する訴え（特許権、実用新案権、回路配置利用権、プログラムの著作物についての著作者の権利に関する訴え）については、東京地方裁判所乃至は大阪地方裁判所が専属管轄を有し（民事訴訟法６条１項）、さらに、そのうちの大阪地方裁判所専属事件の控訴事件における管轄については、原則的に東京高等裁判所が専属管轄とされています（民事訴訟法６条３項）。
よって、特許権等に関する訴えの控訴審は、全国的に知財高裁が専属的に管轄します。
ただし、東京高等裁判所から、大阪高等裁判所に裁量移送がされる場合があります（民事訴訟法２０条の２第２項）。また、１審の段階で裁量移送（同条１項）されたケースでは、移送後の地方裁判所を管轄する高等裁判所が、控訴審の専属管轄を有すると考えられます。

以上から、右記1都10県、東京都，神奈川県，埼玉県，千葉県，茨城県，栃木県，群馬県，静岡県，山梨県，長野県，新潟県以外の地域における知的財産に関する事件のうち、特許権等に関する訴えに含まれないものについては、一審について東京地方裁判所に提訴しなかったものについて、東京高等裁判所以外の高等裁判所に控訴審の管轄権が認められます。こうした事件については、例えば大阪高等裁判所においては知的財産集中部が存在します。
また、専門的知見を必ずしも要求されない特許権等に関する訴え以外の知財事件について、一審において東京高裁管内以外の地方裁判所を選択した場合、控訴審において知的財産高等裁判所に係属することは、原則的にできないものと考えられます。一審裁判所の土地管轄を選択できる場合は、この点も踏まえて裁判所を選択すべきことになります。なお、特許権等に関する訴えについても、一審で裁量移送（民事訴訟法２０条の２第１項）がされた事件については、移送後の一審裁判所所在地を管轄する高等裁判所が控訴審の管轄をもつものと考えられることは前述の通りです。